O Conselho Consultivo é o órgão de relacionamento da FMV com a sociedade civil, nomeadamente com personalidades dos sectores sociais, económicos e profissionais relacionados com os seus domínios de formação e investigação.

Compõem o Conselho Consultivo da FMV como membros por inerência, os Presidentes dos órgãos de gestão e dos Departamentos, o Presidente da Associação dos Antigos Alunos de Medicina Veterinária de Lisboa e o Presidente da Direção da Associação dos Estudantes da FMV. Compõem ainda o Conselho Consultivo até vinte personalidades dos sectores da sociedade relacionados com os domínios da formação e investigação da FMV, nomeados pelo Presidente da FMV por proposta do Conselho de Escola e ouvido o Conselho Científico.