O Conselho Pedagógico é o órgão responsável pela orientação da política pedagógica da FMV e tem por missão, velar pela qualidade pedagógica da FMV, respeitando as orientações estratégicas do Conselho de Escola e as competências do Presidente e do Conselho Científico. 

O Conselho Pedagógico é composto por 10 membros: 5 docentes doutorados em tempo integral; 5 representantes dos estudantes, dos quais um representante dos doutorandos; eleitos diretamente pelos respetivos corpos, segundo o sistema de representação proporcional de Hondt de listas concorrentes, por escrutínio secreto.

O atual Presidente do Conselho Pedagógico é o Prof. Doutor Virgílio da Silva Almeida e a Vice-Presidente a Prof. Doutora Marília Catarina Leal Ferreira. Os restantes representantes do corpo docente são os professores:

Ana Mafalda Gonçalves Xavier Félix Lourenço
Luísa Maria Leal Mateus
Mário António Pereira Silva Soares de Pinho. 

Os atuais representantes dos estudantes são:
Laura Pinheiro Santos (Vice-Presidente em representação dos estudantes)
Gonçalo de Albuquerque Healy Reis
Maria Patrícia Carreiro Couto
Mariana Raposo Baptista (em representação dos estudantes do Doutoramento em Ciências Veterinárias)
Soraia Adriana Costa Lopes.