O Conselho Pedagógico é o órgão responsável pela orientação da política pedagógica da FMV e tem por missão, velar pela qualidade pedagógica da FMV, respeitando as orientações estratégicas do Conselho de Escola e as competências do Presidente e do Conselho Científico. 

O Conselho Pedagógico é composto por 10 membros: 5 docentes doutorados em tempo integral; 5 representantes dos estudantes, dos quais um representante dos doutorandos; eleitos diretamente pelos respetivos corpos, segundo o sistema de representação proporcional de Hondt de listas concorrentes, por escrutínio secreto.

Composição do Conselho Pedagógico

Presidente: Luis Manuel Madeira de Carvalho
Vice-Presidente: Luisa Maria Freire Leal Mateus
Vice-Presidente aluno: Manuel Maria Batalha de Almeida e Vasconcelos
Representantes dos docentes:
Marília Catarina Leal Fazeres Ferreira
Mário António Pereira Silva Soares de Pinho
José Ricardo Dias Bexiga.
Representantes dos alunos:
Maria Patrícia Correia Couto
Laura Cunha Silva
Gonçalo Albuquerque Healy Reis
Mariana Raposo Batista.