Os Serviços Farmacêuticos têm como objectivo e função garantir o suporte logístico e técnico à aquisição, armazenamento e distribuição de medicamentos, produtos biológicos e material adequado para utilização pelo Hospital Escolar, quer na clínica das espécies de companhia, quer na unidade de grandes animais. É, ainda, responsável por assegurar as necessidades de material farmacêutico adequado aos laboratórios de investigação e de suporte às aulas práticas do MIMV.